blastp,blastproof

blastp名词解释

blastp 爆破

爆破 [ bào pò ]

生词本

基本释义 详细释义

[ bào pò ]

用炸药的爆炸威力破坏物体。军事上用以杀伤敌人，炸毁敌方技术兵器，破坏军事目标等。经济建设中用于采矿、筑路和兴修水利等。

blastp，psi-blast和phi-blast的异同

PSI-BLAST的特色是每次用profile搜索数据库后再利用搜索的结果重新构建profile，然后用新的profile再次搜索数据库，如此反复直至没有新的结果产生为止。PSI-BLAST先用带空位的BLAST搜索数据库，将获得的序列通过多序列比对来构建第一个profile。PSI-BLAST自然地拓展了BLAST方法，能寻找蛋白质序列中的隐含模式，有研究表明这种方法可以有效的找到很多序列差异较大而结构功能相似的相关蛋白，甚至可以与一些结构比对方法，如threading相媲美。PSI-BLAST服务可以在NCBI的BLAST主页上找到，还可以从NCBI的FTP服务器上PSI-BLAST的独立程序。

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用一个蛋白质序列blastp和对应的cds序列blastn结果有什么异同，，，

你好，很高兴回答阁下的问题！

blastp是用氨基酸序列比对蛋白序列数据库，blastn是用核苷酸序列比对核苷酸序列数据库。

另外，还有一些比对方法，比如tblastn 是输入核苷酸序列比对蛋白序列数据库，本质都是比对，只是使用时输入和输出序列格式不同。

如阁下所问，如果是对应的氨基酸序列和核苷酸序列，结果应该是一致的。

纯手工书写，如有需要，可进一步追问，希望采纳啊！

BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么？

BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途分别如下：

1、blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较。

2、blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较，可以寻找较远的关系。

3、blastx则是将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对，对分析新序列和EST很有用。

4、tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列（双链）按不同的阅读框进行比对，对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用。

5、tblastx只在特殊情况下使用，它将DNA被检索的序列和核算序列数据库中的序列按不同的阅读框全部翻译成蛋白质序列，然后进行蛋白质序列比对。

扩展资料

blast的主要特点就是：速度快，共线性输出结果简单易读。对于比较小的序列（如 cDNA 等）对大基因组的比对，blast无疑是首选。

blast虽然性能优异，但是它自身也存在着一定的局限性，对于特殊的任务需要注意选择合适的软件。例如blast用于远亲缘物种间的核酸序列比对时，比对精度就不够高，建议使用专门为此用途开发的Blastz软件。

参考资料来源：百度百科-blat

BLAST是用来干什么的？

BLAST包含五?个程序和若干个相应的数据库，分别针对不同的查询序列和要搜索的数据库类型。其中翻译的核酸库指搜索比对时会把核酸数据按密码子按所有可能的阅读框架转换成蛋白质序列。

BLAST对序列格式的要求是常见的FASTA格式。FASTA?格式第一行是描述行，第一个字符必须是“”字符；随后的行是序列本身，一般每行序列不要超过80个字符，回车符不会影响程序对序列连续性的看法。?序列由标准的IUB/IUPAC氨基酸和核酸代码代表；小写字符会全部转换成大写；单个“-”号代表不明长度的空位；在氨基酸序列里允许出现“U”和?“*”号；任何数字都应该被去掉或换成字母(如，不明核酸用“N”，不明氨基酸用?“X”)。此外，对于核酸序列，除了A、C、G、T、U分别代表各种核酸之外，R代表G或A(嘌呤)；Y代表T或C(嘧啶)；K代表G或T(带酮基)；M?代表A或C(带氨基)；S代表G或C(强)；W代表A或T(弱)；B代表G、T或C；D代表G、A或T；H代表A、C或T；V代表G、C或A；N代表A、?G、C、T中任意一种。对于氨基酸序列，除了20种常见氨基酸的标准单字符标识之外，B代表Asp或Asn；U代表硒代半胱氨酸；Z代表Glu或Gln；?X代表任意氨基酸；“*”代表翻译结束标志。

BLASTp：用蛋白质序列搜索蛋白质序列库

BLASTn：用核酸序列搜索核酸库

BLASTx：核酸序列对蛋白质库的比对，核酸序列在比对之前自动按照六个读码框翻译成蛋白质序列

tBLASTn：蛋白质序列对核酸库的比对，核酸库中的序列按照六个读码框翻译后与蛋白质序列进行比对搜索

tBLASTx：核酸序列对核酸库在蛋白质质级别的比对，两者都在搜索之前翻译成为蛋白质质进行比对