引物设计软件,引物设计软件oligo

引物设计:这些条件记得遵守

1.常用的引物设计软件：Primer 5，软件有很多，选择看个人。

2.?引物长度（primer length）一般在15~30碱基之间，常用的是18-25 bp。?

3.引物GC含量在40%~60%之间，GC含量（composition）过高或过低都不利于引发反应。正反向引物的GC含量不能相差太大。

4.?引物3′端最好选择T。?引物3′端错配时，不同碱基引发效率存在着很大的差异，当末位的碱基为A时，即使在错配的情况下，也能有引发链的合成，而当末位链为T时，错配的引发效率大大降低，G、C错配的引发效率介于A、T之间，所以3′端最好选择T。?

5.?引物自身及引物之间不应存在互补序列。?引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。

6.引物形成引物二聚体（Dimer与Cross dimer）的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。?引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话，应尽量使其△G值不要过高（应小于4.5kcal/mol）。否则易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR?反应不能正常进行。?

7.?引物5′?端和中间△G值应该相对较高，而3′?端△G值较低。?△G值是指DNA?双链形成所需的自由能，它反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性，△G值越大，则双链越稳定。应当选用5′?端和中间△G值相对较高，而3′?端△G值较低（绝对值不超过9）的引物。引物3′?端的△G?值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA?聚合反应。

8.?引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰。?引物的5′?端决定着PCR产物的长度，它对扩增特异性影响不大。因此，可以被修饰而不影响扩增的特异性。引物的延伸是从3′?端开始的，不能进行任何修饰。3′端也不能有形成任何二级结构可能。?

9.?引物应具有特异性。?引物设计完成以后，可进行进行BLAST检测。如果与其它基因不具有互补性，就可以进行下一步的实验了。

10.用作克隆目的的PCR，只需要能扩增到相应产物即可，引物设计如有问题可退而求其次，尽量去满足条件。用于定量实验的引物要求更高，扩增片段必须具有特异性，引物不能有任何的错配、引物二聚体和非特异性扩增的存在。

Primer Premier 5.0引物设计

一、PCR引物设计原则

二、Primer Premier 5.0软件设计引物

三、引物设计步骤

①输入序列：安装好软件后，首先打开软件，左上角来操作，file-new-dna sequence，这一项可以把复制的序列粘贴进去，也可以选择另一个file-open-dna sequence去open一个新的文件。②点击Primer进入引物设计界面。③点击引物设计界面上的search按钮进行搜索选项设定。④点击搜索选项界面上的OK按钮可得到引物设计结果。⑤选择分值高的引物对作为实验合成引物选项。⑥根据需要对引物进行编辑。

mega可以用于引物设计吗

mega可以用于引物设计。mega本身就是引物设计软件，是能够用于引物设计的工作。引物设计是一小段单链DNA或RNA，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。

引物设计的，软件有哪些

primer 5,primer 6 ,beacon design, primer express

在线的有primer3

还有一些小的不出名引物设计软件，perlprimer，

甲基化引物设计软件methprimer（名字记得不是很清楚了）