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GTEx笔记
838 donors and 17,382 samples from 52 tissues and two cell lines
【715 (85.3%) were European American,
103 (12.3%) African American,
and 12 (1.4%) Asian American,
with 16 (1.9%) reporting Hispanic or Latino ethnicity;
557 (66.4%) donors were male and 281 (33.5%) female 】
RNA-seq，WGS
表达数量性状基因座（expression Quantitative Trait Loci,eQTL）是对上述概念的进一步深化，它指的是染色体上一些能特定调控mRNA和蛋白质表达水平的区域，其mRNA/蛋白质的表达水平量与数量性状成比例关系。eQTL可分为顺式作用eQTL和反式作用eQTL，顺式作用eQTL就是某个基因的eQTL定位到该基因所在的基因组区域，表明可能是该基因本身的差别引起的mRNA水平变化；反式作用eQTL是指某个基因的eQTL定位到其他基因组区域，表明其他基因的差别控制该基因mRNA水平的差异。
sQTL：剪接数量性状基因座
ieQTL：细胞类型-相互作用eQTL
isQTL：细胞类型-相互作用sQTL
The effect sizes of eQTLs are defined as the effect of the alternative allele (ALT) relative to the reference (REF) allele in the human genome reference. In other words, the eQTL effect allele is the ALT allele, not the minor allele.
The portal displays two values that are related to the eQTL effect sizes:
Allelic fold-change (aFC), a measure of cis-eQTL effect size, is defined as the log-ratio between the expression of the haplotype carrying the alternative eVariant allele to the one carrying the reference allele in log2 scale. Currently, due to computational limitation, only the aFC of the most significant variant of each eGene is available.
Normalized effect size (NES), previously known as the effect size on the portal, is defined as the slope of the linear regression, and is computed as the effect of the alternative allele (ALT) relative to the reference allele (REF) in the human genome reference (i.e., the eQTL effect allele is the ALT allele). NES are computed in a normalized space where magnitude has no direct biological interpretation.
eVariant: a significant variant associated with an eGene.
（关于significant cutoff的定义）
The "Single-Tissue eQTLs" section allows you to look up cis eQTLs which have been precomputed in a +/- 1Mb cis window around the transcription start site (TSS). Significance was determined using a Q-value threshold. At least 70 samples per tissue are necessary to achieve the statistical power needed for this type of analysis.
In contrast, the "GTEx eQTL Calculator" and GTEx eQTL Dashboard allow you to compute, on demand, an association between a SNP and gene of your choice. The association may be cis or trans. This calculation may be performed in tissues for which we have more than 10 samples. No Q-value filtering is performed and the user is left to interpret the significance of the p-value.
gtex数据怎样筛选
关于gtex数据怎样筛选。
1、通常我们在挖掘TCGA数据库的时候，会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的，也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果，比如说乳腺癌吧，1200个左右的转录组数据，其中1100左右都是肿瘤组织的测序数据，只有区区100个左右的正常对照。
2、这个时候我们就需要想办法加大正常组织测序样本量，既然TCGA数据库没有，我们就从其他数据库着手。这里值得大力推荐的是GTEx数据库,Genotype-TissueExpression(GTEx)。
GTEX创始人是谁？
目前从GTEX的白皮书来看，GTEX一共有三位联合创始人
Ryan Ding
Ryan是一位经验丰富的金融专家，区块链顾问和资深游戏玩家。Ryan毕业于密歇根州立大学商学院，拥有金融学位。在密歇根州立大学期间，Ryan在北美领导了第三大魔兽世界公会。在创建GTEX之前他曾在华尔街的主要金融机构工作了八年。Ryan是代币经济学的先驱，并认为游戏代币化是游戏行业的未来。
Lyn Zhao
Lyn是伦敦国王学院的电子工程硕士。自年以来，他先后在国家电网公司和UBS、美银美林等投资银行工作，在定量分析、交易和数据科学领域拥有丰富的经验。目前,他主要关注数字资产量化交易和区块链技术。Lyn拥有丰富的创业经验，曾在中国和英国工作。他对电子竞技充满热情，同时也是魔兽RPG游戏地图的深度游戏玩家和开发者。
Vlad Milosevic
Vlad是一位经验丰富的游戏行业营销人员和资深人士。他毕业于Davis Elkins College商学院。他在欧洲创立了多个大型游戏社区，其中的社区每月能产生超过一千万次页面浏览量，以及获得超过万美元的广告收入。Vlad目前拥有一家成功的网络营销机构，GS Power。他是GTEX的联合创始人，因为他深信区块链将会给游戏产业带来革命。
显卡的基本知识
分类: 电脑/网络 硬件
解析:
第一部分：前言
NVIDIA和ATI的竞争从来就没有停止过，而现在的图形芯片市场更是狼烟四起。激烈的竞争促进了图形芯片技术的飞速发展，其晶体管集成规 模早就超过了CPU等其他硬件。两大阵营的新产品、新技术层出不穷，核心频率的最高纪录也交替上升。在几乎所有的价位，NVIDIA和ATI都有旗鼓相当的对手展开激烈的拼杀。而像SIS、MATROX等老牌显卡制造商也并不甘寂寞，不断推出一些很有特点的产品，试图分一杯羹。
为了获取尽可能多的市场份额，NVIDIA和ATI都将产品线分得很细。而且在新产品不断涌现的同时，旧产品也在不断改良。展现在消费者面前的是一个多姿多彩的显卡世界。但如果对这些东东的基本性能和产品定位缺乏了解的话，选购一款称心如意的显卡是很困难的。也确实有不少朋友为此感到烦恼，本文的主要目的就是通过全面、系统地介绍显卡的基本知识，以及目前市面上常见产品的性能介绍，让大家在买显卡时做到心中有数。
显卡相关的技术名词解释
在了解产品之前，为了不让一些生涩的词汇搞得头晕脑胀，我建议你还是先对相关的技术术语做一个简单的了解。
GPU
GPU，英文Graphics Processing Unit的简称，翻译过来就是图形处理单元，也叫图形处理器。它在整个计算机输出的过程中占有举足轻重的角色。在计算机的数据处理过程中，CPU将其运算处理后的显示信息通过数据总线传输到GPU上，GPU再进行运算处理之，最后通过显示卡的15Pin接头显示在屏幕上。可以看出，GPU性能是决定整个显示卡效能的关键。
从目前市场上的主流图形芯片来看，绝大部分都是出自ATI和nVIDIA之手，如GeForce4、GeForceFX，以及Radeon 9700等等。
显存
显示内存的简称。顾名思义，其主要功能就是暂时将储存显示芯片要处理的数据和处理完毕的数据。图形核心的性能愈强，需要的显存也就越多。以前的显存主要是SDR的，容量也不大。而现在市面上的显卡至少都拥有32M显存，ATI和NVIDIA目前计划推出的旗舰产品，甚至拥有256M DDRII显存!!!。
AGP
AGP英文全称是Accelerate Graphical Port，这是Intel公司开发的一项视频接口技术标准。其主要目的是为了解决低带宽的PCI总线对显卡性能的制约。它将显卡与系统主内存连接起来，这样就在CPU和图形处理器之间直接开辟了更快的通道，大大提高了显卡的工作效率。AGP接口技术经历了AGP1.0(AGP1X/2X)、AGP2.0(AGP4X)、AGP3.0(AGP8X)的发展过程。目前最新的AGP8X接口，其理论带宽为2.1Gbit/秒。
显卡BIOS
显卡BIOS一般由显示卡厂商直接烧在ROM芯片里面。它包含了控制程序、产品标识等讯息。和主板 BIOS一样，显卡BIOS也是可以刷新的。
VGA接口
要将显卡所处理的数据显示在屏幕上，就必须通过显示卡上的VGA接口输出。标准的VGA接口为15pin接头。
DVI接口
数字显示工作组(DDWG)在1999年发布了用于数字平板显示器的数字视频接口DVI(Digital Visual Interface)。DVI在支持数字平板显示器的同时也向下兼容CRT显示器。
DVI接口通常有两种：仅支持数字信号的DVI-D、同时支持数字与模拟信号的DVI-I。DVI接口支持即插即用(plug and play)以及EDID和DDC2B。
与标准VGA不同，数字接头使用三行八列共24个引脚，这些引脚支持两个完整的通道。每个通道使用3对----红绿蓝各一对传输色彩信号，一对传输时钟信号，其余是电源、地线和其他用途。
Direct3D
要讲Direct3D，就不能不讲DirectX,。DirectX是微软开发并发布的多媒体开发软件包，其中有一部分叫做DirectDraw，它是图形绘演API，提供对图形强大的访问处理能力。而在DirectDraw中集成了一些三维图形相关的功能，这就叫做Direct3D。因为微软的名气，有些人认为它将成为3D图形的标准。但是大家不要忘了，还有OpenGL。
OpenGL
OpenGL是OpenGraphicsLib的缩写。它是一套三维图形处理库，也是该领域的工业标准。计算机三维图形是指将用数据描述的三维空间，通过计算转换成二维图像并显示或打印出来的技术。OpenGL就是支持这种转换的程序库，它源于SGI公司为其图形工作站开发的IRIS GL，在跨平台移植过程中发展成为OpenGL。SGI在1992年7月发布1.0版，后成为工业标准，由成立于1992年的独立财团OpenGL Architecture Review Board (AR控制。SGI等ARB成员以投票方式产生标准，并制成规范文档(Specification)公布，各软硬件厂商据此开发运用在自己的系统上。只有通过了ARB规范全部测试的实现才能称为OpenGL。
RAMDAC
RAMDAC是Random Access Memory Digital/Analog Convertor的简称，即随机存取内存数字／模拟转换器，RAMDAC的分辨率，颜色数与输出频率也是影响显示卡效能的重要因素。由于在显示卡的显示内存中储存的是数字资料，因为计算机是以数字方式运算的，对于显示卡来说这一堆0与1控制着每一个像素的颜色数和亮度。然而显示器并不以数字方式工作，它工作在仿真状态下，这就需要在中间有一个＂翻译″。RAMDAC的作用就是将数字讯号转换为仿真讯号使显示器能够显示影像。我们常在芯片上看到的＂DAC XXMHz″的字样，其中XX的数字是指数位转换成仿真讯号之间的频宽，MHz是它的单位，因此RAMDAC可以说是一种在绘图显示卡上极为重要的芯片。
S端子
S端子是五线接头，含义是：二路视频亮度信号。包括二路视频色度信号，一路公共屏蔽地线，以及与其配套的亮度、色度分离器。它是用来将亮度和色度分离输出的设备。其主要功能是为了克服视频节目复合输出时的亮度和色度的互相干扰。一般的广播电视的亮度信号带宽为6MHz，而国内的PAL制式彩色信号带宽为1.5MHz。复合视频输出是将4.43MHz波频率的色度副载信号间置于视频亮度信号中，在显示输出时进行色度解调，将色度副载波从复合视频信号中滤出来，这样就可能损失亮度信号中4.43MHz±0.75MHz的频率，降低了水平清晰度。另外，没有完全滤掉的色度副载波可能会干扰亮度通道，而处于4.43MHz边缘的亮度信号则会进入色度解调电路，二者互相干扰，降低了播出质量。采用S端子的亮度和色度分离输出可以提高画面质量，这就是为什么有人将其称为“高清晰度输出”的缘故。
VGARTD
是Virtual Graphics Address Remapping Table Driver的缩写，VGARTD驱动程序是一个虚拟绘图内存地址映对表驱动程序，安装了VGARTD才可以完全享有AGP显示卡的DIME功能。DIME是Direct Memory Execute的缩写，最主要的功能是用来让大部分的AGP显示芯片在已安装了VGARTD驱动程序以后的系统可以直接接受复杂的纹路映对动作。Windows98以上操作系统都支持全部的Direct3D与AGP的特殊效能，内含了市面上大部分常见主板芯片组的VGARTD程序
象素填充率
它表示图形加速芯片每秒能够呈现的像素。它的数量和图形加速引擎的时钟频率及渲染通道数量有关。标准计算单位是兆像素/秒（Mpix/sec）。是显卡在各种分辨率下性能表现的关键参数。
材质填充率
该数表示图形处理器每秒能够存取的材质。在纹理位图中一个材质被称为一个单像素。它的数量和图形加速引擎时钟速度及纹理渲染单元总数有关，然后在这个数字的基础上，在一个时间周期里为每个像素过滤可被正确显示的材质（一个为单点样本不用过滤，四点称为双线性过滤，八点称为三线性过滤，等等）。代表性的单位是gtex/sec。这是一种较好的材质影像插补的处理方式。对于需要动态物体或景深很大的场景应用方面而言，只有“三线过滤”才能提供可接受的材质品质。
纹理贴图
是一种虚拟真实画面的方法，将位图(Bitmap)或图象贴在3D物体（多边形）上，使物体具有真实感。
刷新率
简单的说，就是指显示器每秒能对整个画面重复更新的次数。若此数为100Hz，就表示显卡每秒送出100张画面讯号给显示器。一般而言，此数值越高，画面就越柔和、眼睛就越不会觉得屏幕闪烁。照VESA规定画面更新频率最好要在72-75Hz以上，才能避免在日光灯下出现闪烁现象，也不会造成眼睛的疲劳与伤害。不过现在一般显示器都能达到85Hz以上的刷屏。
色深
色深是指某个确定的分辩率下，描述每一个像素点的色彩所使用的数据的长度，单位是“位”。它决定了每个像素点可以有的色彩的种类。我们通常用颜色数来代替色深挑选显卡的指标，比如16位、24位、32位色等。颜色数越多，所描述的颜色就越接近于真实的颜色。对于普通用户来讲，16色已经接近人眼的分辩极限。值得注意的是，由于显卡上显存容量、数量的限制，分辩率越高，颜色数就越少。
分辩率
显示画面的细腻程度，一般以画面的最大“水平点数”乘上“垂直点数”来代表。例如，分辩率为1024X768，表示这整个画面的由水平1024个画点，乘上垂直768个画点所组成的。
HyperZ 技术
是ATI的一种优化内存带宽技术。它能在硬件条件不变的情况下，使显卡的3D性能得到实质性提高。
映射凹凸贴图
这是在3D场景中模拟粗糙外表面的技术。标准表面纹理上再映射一层纹理，纹理的内容相同但位置相错，错位深度由深度信息和光源位置决定，再根据表现对象的不同，将下层纹理进一步处理为上层纹理的阴影或底面，从而模拟出真实物体 表面的凸凹褶皱效果。