用lamp仪做lamp实验和用pcr仪做lamp检测的区别是什么?为什么用pcr仪可以做lamp检测还要花那么多钱买lamp
LAMP技术的原理是采用4条引物来识别靶基因上的6个特异区域,利用链置换型DNA聚合酶,置于60-65℃的恒温条件下进行扩增,反应会产生大量的焦磷酸镁白色沉淀,可以通过肉眼直接观察或者加入荧光染料观察颜色变化。
LAMP方法只需要恒温条件就能进行反应,一般在一小时内就能完成,从这个方面来看是可以使用普通PCR仪进行反应的,但是因为LAMP反应具有高灵敏度,扩增效率高,所以我们用普通pcr仪进行实验并不能很好的确定反应时间,可能最佳反应时间是40min,你却统一的采用60min,长时间的反应可能导致非特异性扩增的出现,本来是阴性的反应也出现了扩增,但我们还以为是污染了。LAMP浊度仪能将扩增和检测同时完成,不需要像使用PCR仪那样反应完后来进行后续的检测步骤,比如电泳,开盖后容易使得气溶胶溢出,从而污染实验室造成假阳性,而用LMAP仪器就不会存在这个问题,能很好的避免污染问题。LAMP实时浊度仪不仅能够特异性的对引物进行筛选,还能对引物工作的最佳浓度,反应时间的控制,非特异性扩增进行判断,为诊断试剂的研发提供判断标准。前期的研究阶段推荐使用LAMP实时浊度检测系统,条件都摸索好之后使用什么仪器都可以。
如何搭建lamp环境
1、确认搭建LAMP所需的环境是否已经安装:
[root@localhost ~]#rpm -q make gcc gcc-c++ zlib-devel libtool libtool-ltdl libtool-ltdl-devel bisonncurses-devel
备注:安装libpng时需要zlib-devel
安装php时需要libtool、libtool-ltdl、libtool-ltdl-devel
安装mysql时需要bison、ncurses-devel
2、如果没安装则yum安装:
[root@localhost~]#yum -y install make gcc gcc-c++ zlib-devel libtool libtool-ltdllibtool-ltdl-devel bison ncurses-devel
3、由于要使用编译安装,所以查看httpd、mysql、php是否安装:
[root@localhost ~]#rpm -q httpd mysql php
如果安装则卸载:
[root@localhost ~]#rpm -e httpd --nodeps
[root@localhost ~]#rpm -e mysql --nodeps
[root@localhost ~]#rpm -e php --nodeps
编译安装过程介绍:
1)解压tar.gz为后缀的压缩软件包:LAMP环境搭建所需要的每个软件的软代码文件,都是以tar.gz或.tgz提供给我们的打包压缩文件,所以我们必须将其解压再解包。命令如下:
tar–zxvf *.tar.gz
2)在linux系统中源代码包安装过程:LAMP环境搭建所需要的软件都是使用C语言开发的,所以安装源代码文件最少需要配置、编译和安装三个步骤
配置(configure)、编译(make)、安装(makeinstall)
4、编译安装libxml2
[root@localhostlinux]# tar -zxvf libxml2-2.6.30.tar.gz
[root@localhostlinux]# cd libxml2-2.6.30
[root@localhostlibxml2-2.6.30]# ./configure --prefix=/usr/local/libxml2
[root@localhostlibxml2-2.6.30]# make
[root@localhostlibxml2-2.6.30]# make install
5、编译安装libmcrypt
[root@localhostlinux]# tar -zxvf libmcrypt-2.5.8.tar.gz
[root@localhostlinux]# cd libmcrypt-2.5.8
[root@localhostlibmcrypt-2.5.8]# ./configure --prefix=/usr/local/libmcrypt
[root@localhostlibmcrypt-2.5.8]# make
[root@localhostlibmcrypt-2.5.8]# make install
6、编译安装zlib
[root@localhostlinux]# tar -zxvf zlib-1.2.3.tar.gz
[root@localhostlinux]# cd zlib-1.2.3
[root@localhostzlib-1.2.3]# CFLAGS="-O3 -fPIC" ./configure --prefix=/usr/local/zlib/
(用64位元的方法进行编译)
[root@localhostzlib-1.2.3]# make
[root@localhostzlib-1.2.3]# make install
7、编译安装libpng
[root@localhostlinux]# tar -zxvf libpng-1.2.31.tar.gz
[root@localhostlinux]# cd libpng-1.2.31
[root@localhostlibpng-1.2.31]# ./configure --prefix=/usr/local/libpng \
--enable-shared (建立共享库使用的GNU的libtool)
[root@localhostlibpng-1.2.31]# make
[root@localhostlibpng-1.2.31]# make install
8、编译安装jpeg
[root@localhostlinux]# tar -zxvf jpegsrc.v6b.tar.gz
[root@localhostlinux]# cd jpeg-6b
[root@localhostjpeg-6b]# mkdir /usr/local/jpeg (创建jpeg软件的安装目录)
[root@localhostjpeg-6b]# mkdir /usr/local/jpeg/bin (创建存放命令的目录)
[root@localhostjpeg-6b]# mkdir /usr/local/jpeg/lib (创建jpeg库文件所在目录)
[root@localhostjpeg-6b]# mkdir /usr/local/jpeg/include (创建存放头文件目录)
[root@localhostjpeg-6b]# mkdir -p /usr/local/jpeg/man/man1 (建立存放手册的目录)
[root@localhostjpeg-6b]# ./configure --prefix=/usr/local/jpeg \
--enable-shared \ (建立共享库使用的GUN的libtool)
--enable-static (建立静态库使用的GUN的libtool)
[root@localhostjpeg-6b]# make
[root@localhostjpeg-6b]# make install
执行make时如果出现如下错误:
./libtool --mode=compile gcc-O2 -I. -c ./jcapimin.c
make: ./libtool: Command notfound
make: *** [jcapimin.lo] Error 127
解决方法:
默认已安装libtool及libtool-ltdl-devel(如需帮助请看过程2)
[root@localhostjpeg-6b]# find / -name config.sub
/usr/share/libtool/config/config.sub
[root@localhostjpeg-6b]# find / -name config.guess
/usr/share/libtool/config/config.guess
[root@localhostjpeg-6b]# cp -vRp /usr/share/libtool/config/config.sub .
[root@localhostjpeg-6b]# cp -vRp /usr/share/libtool/config/config.guess .
也就是把libtool里面的两个配置文件拿来覆盖掉jpeg-6b目录下的对应文件
make clean 再重新configure
9、编译安装freetype
[root@localhostlinux]# tar -zxvf freetype-2.3.5.tar.gz
[root@localhostlinux]# cd freetype-2.3.5
[root@localhostfreetype-2.3.5]# ./configure --prefix=/usr/local/freetype \
--enable-shared (建立共享库使用的GUN的libtool)
[root@localhostfreetype-2.3.5]# make
[root@localhostfreetype-2.3.5]# make install
10、编译安装autoconf
[root@localhostlinux]# tar -zxvf autoconf-2.61.tar.gz
[root@localhostlinux]# cd autoconf-2.61
[root@localhostautoconf-2.61]# ./configure
[root@localhostautoconf-2.61]# make
[root@localhostautoconf-2.61]# make install
11、编译安装GD
[root@localhostlinux]# tar -zxvf gd-2.0.35.tar.gz
[root@localhostlinux]# cd gd-2.0.35
[root@localhostgd-2.0.35]# ./configure --prefix=/usr/local/gd \
--with-zlib=/usr/local/zlib/ \ (指定zlib库文件的位置)
--with-jpeg=/usr/local/jpeg/ \ (指定jpeg库文件的位置)
--with-png=/usr/local/libpng/ \ (指定png库文件的位置)
--with-freetype=/usr/local/freetype/ (指定freetype字体库的位置)
[root@localhostgd-2.0.35]# make
[root@localhostgd-2.0.35]# make install
执行make时如果出现如下错误:
make[2]: *** [gd_png.lo] Error 1
make[2]: Leaving directory`/usr/src/linux/gd-2.0.35'
make[1]: *** [all-recursive]Error 1
make[1]: Leaving directory`/usr/src/linux/gd-2.0.35'
make: *** [all] Error 2
解决方法:
[root@localhostgd-2.0.35]# find / -name gd_png.c
/usr/src/linux/gd-2.0.35/gd_png.c
[root@localhostgd-2.0.35]# find / -name png.h
/usr/local/libpng/include/png.h
[root@localhostgd-2.0.35]# vi /usr/src/linux/gd-2.0.35/gd_png.c
将#include "png.h"
改为#include "/usr/local/libpng/include/png.h"
12、编译安装apache
[root@localhostlinux]# tar -zxvf httpd-2.2.9.tar.gz
[root@localhostlinux]# cd httpd-2.2.9
[root@localhosthttpd-2.2.9]# ./configure --prefix=/usr/local/apache \
--enable-so \ (以动态共享对象编译)
--enable-rewrite (基于规则的URL操控)
[root@localhosthttpd-2.2.9]# make
[root@localhosthttpd-2.2.9]# make install
将apache加入开机启动↓
[root@localhosthttpd-2.2.9]# cp -vRp /usr/local/apache/bin/apachectl /etc/init.d/httpd
[root@localhosthttpd-2.2.9]# chmod +x /etc/init.d/httpd
添加apache服务↓
[root@localhosthttpd-2.2.9]# chkconfig --add httpd
[root@localhosthttpd-2.2.9]# chkconfig --level 2345 httpd on
[root@localhosthttpd-2.2.9]# service httpd start
启动服务时,如果出现如下错误:
httpd: Could not reliablydetermine the server's fully qualified domain name, using localhost.localdomainfor ServerName
解决方法:
[root@localhosthttpd-2.2.9]# vi /usr/local/apache/conf/httpd.conf
添加上:ServerName localhost:80
执行chkconfig时,如果出现如下错误:
service httpd does not supportchkconfig
解决方法:
[root@localhosthttpd-2.2.9]# vi /etc/rc.d/init.d/httpd
在文件第二行加入
#chkconfig:2345 10 90
#description:Activates/DeactivatesApache Web Server
保存后再执行chkconfig
13、编译安装mysql(最新版本都需要cmake编译安装)
编译安装 cmake
[root@localhostlinux]# tar -zxvf cmake-2.8.7.tar.gz
[root@localhostlinux]# cd cmake-2.8.7
[root@localhostcmake-2.8.7]# ./bootstrap
[root@localhostcmake-2.8.7]# gmake
[root@localhostcmake-2.8.7]# gmake install
编译安装 MySQL5.5.20
[root@localhostcmake-2.8.7]# groupadd mysql
[root@localhostcmake-2.8.7]# useradd -g mysql mysql
[root@localhostlinux]# tar -zxvf mysql-5.5.15.tar.gz
[root@localhostlinux]# cd mysql-5.5.15
[root@localhostmysql-5.5.15]#
cmake-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/mysql \ (安装根目录)
-DMYSQL_UNIX_ADDR=/usr/local/mysql/data/mysql.sock \ (UNIX socket文件)
-DDEFAULT_CHARSET=utf8 \ (默认字符集)
-DDEFAULT_COLLATION=utf8_general_ci \ (默认编码)
-DWITH_EXTRA_CHARSETS=utf8,gbk \ (额外的编码)
-DWITH_PERFSCHEMA_STORAGE_ENGINE=1 \(启用PERFSCHEMA引擎支持)
-DWITH_FEDERATED_STORAGE_ENGINE=1 \ (启用FEDERATED引擎支持)
-DWITH_PARTITION_STORAGE_ENGINE=1\ (启用PARTITION引擎支持)
-DWITH_ARCHIVE_STORAGE_ENGINE=1 \ (启用ARCHIVE引擎支持)
-DWITH_READLINE=1 \(使用readline功能)
-DMYSQL_DATADIR=/usr/local/mysql/data \ (数据库数据目录)
-DMYSQL_TCP_PORT=3306 (TCP/IP端口)
[root@localhostmysql-5.5.15]# make
[root@localhostmysql-5.5.15]# make install
[root@localhostmysql-5.5.15]# cp -vRp /usr/local/mysql/support-files/my-medium.cnf /etc/my.cnf
修改配置文件↓
[root@localhostmysql-5.5.15]# vi /etc/my.cnf
basedir=/usr/local/mysql
datadir=/usr/local/mysql/data
log-error=/usr/local/mysql/data/error.log
pid-file=/usr/local/mysql/data/mysql.pid
初始化数据库文件↓
[root@localhostmysql-5.5.15]# /usr/local/mysql/scripts/mysql_install_db \
--defaults-flie=/etc/my.cnf \
--basedir=/usr/local/mysql/\
--datadir=/usr/local/mysql/data \
--pid-file=/usr/local/mysql/data/mysql.pid \
--user=mysql
权限设置↓
[root@localhostmysql]# chown -R root .
[root@localhostmysql]# chown -R mysql data
[root@localhostmysql]# chgrp -R mysql .
将mysql加入开机启动↓
[root@localhostmysql]# cp -vRp support-files/mysql.server /etc/init.d/mysqld
[root@localhostmysql]# chmod +x /etc/init.d/mysqld
添加mysql服务↓
[root@localhostmysql]# chkconfig --add mysqld
[root@localhostmysql]# chkconfig --level 345 mysqld on
[root@localhostmysql]# service mysqld start
配置mysql↓
[root@localhostmysql]# bin/mysql
mysql deletefrom mysql.user where Host!='localhost'; (只留允许本机登录的帐号)
mysql flushprivileges; (刷新授权表)
mysql setpassword for 'root'@'localhost'=password('123456'); (设置用户密码)
mysql exit
[root@localhostmysql]# bin/mysql -h localhost -u root -p123456 (登录mysql)
14、编译安装php
[root@localhostlinux]# tar -zxvf php-5.3.19.tar.gz
[root@localhostlinux]# cd php-5.3.19
[root@localhostphp-5.3.19]# ./configure --prefix=/usr/local/php \
--with-apxs2=/usr/local/apache/bin/apxs \
--with-mysql=/usr/local/mysql/ \
--with-libxml-dir=/usr/local/libxml2/ \
--with-png-dir=/usr/local/libpng/ \
--with-jpeg-dir=/usr/local/jpeg/ \
--with-freetype-dir=/usr/local/freetype/ \
--with-gd=/usr/local/gd/\
--with-mcrypt=/usr/local/libmcrypt/ \
--with-mysqli=/usr/local/mysql/bin/mysql_config \
--enable-soap\ (变量激活SOAP和web services支持)
--enable-mbstring=all \ (使多字节字符串支持)
--enable-sockets (变量激活socket通讯特性)
[root@localhostphp-5.3.19]# make
[root@localhostphp-5.3.19]# make install
[root@localhostphp-5.3.19]# cp -vRp php.ini-development /etc/php.ini
[root@localhostphp-5.3.19]# vi /usr/local/apache/conf/httpd.conf
添加上:
AddType application/x-httpd-php .php
[root@localhostphp-5.3.19]# service httpd stop
[root@localhostphp-5.3.19]# service httpd start
[root@localhostphp-5.3.19]# vi /usr/local/apache/htdocs/phpinfo.php
添加内容为:
?php
phpinfo();
?
打开浏览器进行访问,如果出现PHP版本界面,及安装成功。
PCR与LAMP的关系
这两个方法我感觉原理还差挺多的,
LAMP,环介导等温扩增法,英文名称为loop-mediatedisothermal amplification,,是一种新型的核酸扩增方法,其特点是针对靶基因的6个区域设计4种特异引物,在链置换DNA聚合酶(Bst DNA polymerase)的作用下,60--65℃恒温扩增,15-60分钟左右即可实现10^9~10^10倍的核酸扩增
PCR技术的基本原理类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成:①模板DNA的变性:模板DNA经加热至93℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;②模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至55℃左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;③引物的延伸:DNA模板--引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基互补配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA链互补的半保留复制链,重复循环变性--退火--延伸三过程就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需2~4分钟,2~3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。
两者的酶,引物的设计,扩增的流程,产物的检验均不同,所以应该关系不大吧。而且虽然LAMP相对简便一些,但两者还是各有利弊的。
希望对你有帮助,望采纳
如何在Ubuntu上安装LAMP服务器系统
在Ubuntu上安装LAMP方法:
1、使用一个终端命令,就可以安装LAMP。命令如下:
sudo apt-get install lamp-server^
注:不要漏了末尾的那个脱字符号(^)。要是少了这个脱字符号,这个命令就无法运行。
2、在Ubuntu上安装LAMP apt软件包管理器现在会显示需要安装、等待确认的软件包。输入回车键,确认并继续安装。
3、安装LAMP软件包,下载软件包花了一点时间后,系统会提示你为MySQL的根用户设置密码。
4、设置MySQL根密码,输入你想用于MySQL的密码。此处不能空着。系统会提示你第二次输入,以确认密码。确认MySQL根密码,确认密码后,apt会继续安装剩余的软件包。
5、LAMP安装现完成。按提示将剩下几个步骤来进行配置,就可以轻松使用系统了。
Linux如何安装LAMP
Lamp = apache + mysql + php, 以下是linux系统下的安装方法:
1. 准备
根据系统的不用,在安装过程中需要附加安装的东西也不同,我这只要多安装一个libxml2的库。所以只要准备如下四个包:
httpd-2.2.17.tar.gz
mysql-5.1.54.tar.gz
php-5.3.5.tar.gz
libxml2-2.7.7.tar.gz
至于何处下载,自行百度。
2. Mysql的安装
在安装之前需要添加mysql组和用户, 同时,在config的时候会遇到一些问题,需要安装某些软件才能继续,如:apt-get install g++(不是gcc哦)
[cpp] view plaincopy
// 添加用户组和用户
# groupadd mysql
# useradd -g mysql mysql
// 解压安装包
$ tar -zxvf mysql-5.1.54.tar.gz
// 进入解压出来的文件
$ cd mysql-5.1.54
// 配置安装目录等信息(我的安装目录:/home/hkj/software/mysql)
$ ./configure --prefix=/home/hkj/software/mysql --without-debug
// 编译,这个耗时较多
$ make
// 安装
$ make install
3.安装apache
[cpp] view plaincopy
//解压缩Apache软件包
$ tar -zxvf httpd-2.2.17.tar.gz
//进入解压后的文件目录
$ cd httpd-2.2.17
//配置,设定安装目录为/home/hkj/software/apache
$ ./configure –prefix=/home/hkj/software/apache –enable-so
//编绎
$ make
//安装
$ make install
4.安装libxml2
[cpp] view plaincopy
//解压libxml软件包
$ tar -zxvf libxml2-2.7.7.tar.gz
//进入解压后的文件目录
$ cd libxml2-2.7.7
//配置
$ ./configure
//编绎
$ make
//安装
$ make install
5.安装php
[cpp] view plaincopy
//解压缩PHP软件包
$ tar -zxvf php-5.3.5.tar.gz
//进入解压后的文件目录
$ cd php-5.3.5
//配置,设定安装目录为/home/hkj/software/php
$ ./configure –prefix=/home/hkj/software/php –with-mysql=/home/hkj/software/mysql –with-apxs2=/home/hkj/software/apache/bin/apxs
//编绎
$ make
//安装
$ make install
6.配置
[cpp] view plaincopy
// 拷贝php的配置文件
# cp php.ini-dist /home/hkj/software/php/lib/php.ini
// 配置apache
# gedit /home/hkj/software/apache/conf/httpd.conf
*** 在LoadModule处添加 LoadModule php5_module module/libphp5.so
*** 在DirectoryIndex处添加 index.php
*** 在AddType application处添加
AddType application/x-httpd-php .php .phtml
AddType applicatoin/x-httpd-php-source .phps
// 然后重启apache,设置就生效了