http://www.itjxue.com  1970-01-01 08:00  来源:  点击次数: 

用lamp仪做lamp实验和用pcr仪做lamp检测的区别是什么?为什么用pcr仪可以做lamp检测还要花那么多钱买lamp

LAMP技术的原理是采用4条引物来识别靶基因上的6个特异区域,利用链置换型DNA聚合酶,置于60-65℃的恒温条件下进行扩增,反应会产生大量的焦磷酸镁白色沉淀,可以通过肉眼直接观察或者加入荧光染料观察颜色变化。

LAMP方法只需要恒温条件就能进行反应,一般在一小时内就能完成,从这个方面来看是可以使用普通PCR仪进行反应的,但是因为LAMP反应具有高灵敏度,扩增效率高,所以我们用普通pcr仪进行实验并不能很好的确定反应时间,可能最佳反应时间是40min,你却统一的采用60min,长时间的反应可能导致非特异性扩增的出现,本来是阴性的反应也出现了扩增,但我们还以为是污染了。LAMP浊度仪能将扩增和检测同时完成,不需要像使用PCR仪那样反应完后来进行后续的检测步骤,比如电泳,开盖后容易使得气溶胶溢出,从而污染实验室造成假阳性,而用LMAP仪器就不会存在这个问题,能很好的避免污染问题。LAMP实时浊度仪不仅能够特异性的对引物进行筛选,还能对引物工作的最佳浓度,反应时间的控制,非特异性扩增进行判断,为诊断试剂的研发提供判断标准。前期的研究阶段推荐使用LAMP实时浊度检测系统,条件都摸索好之后使用什么仪器都可以。

如何搭建lamp环境

1、确认搭建LAMP所需的环境是否已经安装:

[root@localhost ~]#rpm -q make gcc gcc-c++ zlib-devel libtool libtool-ltdl libtool-ltdl-devel bisonncurses-devel

备注:安装libpng时需要zlib-devel

安装php时需要libtool、libtool-ltdl、libtool-ltdl-devel

安装mysql时需要bison、ncurses-devel

2、如果没安装则yum安装:

[root@localhost~]#yum -y install make gcc gcc-c++ zlib-devel libtool libtool-ltdllibtool-ltdl-devel bison ncurses-devel

3、由于要使用编译安装,所以查看httpd、mysql、php是否安装:

[root@localhost ~]#rpm -q httpd mysql php

如果安装则卸载:

[root@localhost ~]#rpm -e httpd --nodeps

[root@localhost ~]#rpm -e mysql --nodeps

[root@localhost ~]#rpm -e php --nodeps

编译安装过程介绍:

1)解压tar.gz为后缀的压缩软件包:LAMP环境搭建所需要的每个软件的软代码文件,都是以tar.gz或.tgz提供给我们的打包压缩文件,所以我们必须将其解压再解包。命令如下:

tar–zxvf *.tar.gz

2)在linux系统中源代码包安装过程:LAMP环境搭建所需要的软件都是使用C语言开发的,所以安装源代码文件最少需要配置、编译和安装三个步骤

配置(configure)、编译(make)、安装(makeinstall)

4、编译安装libxml2

[root@localhostlinux]# tar -zxvf libxml2-2.6.30.tar.gz

[root@localhostlinux]# cd libxml2-2.6.30

[root@localhostlibxml2-2.6.30]# ./configure --prefix=/usr/local/libxml2

[root@localhostlibxml2-2.6.30]# make

[root@localhostlibxml2-2.6.30]# make install

5、编译安装libmcrypt

[root@localhostlinux]# tar -zxvf libmcrypt-2.5.8.tar.gz

[root@localhostlinux]# cd libmcrypt-2.5.8

[root@localhostlibmcrypt-2.5.8]# ./configure --prefix=/usr/local/libmcrypt

[root@localhostlibmcrypt-2.5.8]# make

[root@localhostlibmcrypt-2.5.8]# make install

6、编译安装zlib

[root@localhostlinux]# tar -zxvf zlib-1.2.3.tar.gz

[root@localhostlinux]# cd zlib-1.2.3

[root@localhostzlib-1.2.3]# CFLAGS="-O3 -fPIC" ./configure --prefix=/usr/local/zlib/

(用64位元的方法进行编译)

[root@localhostzlib-1.2.3]# make

[root@localhostzlib-1.2.3]# make install

7、编译安装libpng

[root@localhostlinux]# tar -zxvf libpng-1.2.31.tar.gz

[root@localhostlinux]# cd libpng-1.2.31

[root@localhostlibpng-1.2.31]# ./configure --prefix=/usr/local/libpng \

--enable-shared (建立共享库使用的GNU的libtool)

[root@localhostlibpng-1.2.31]# make

[root@localhostlibpng-1.2.31]# make install

8、编译安装jpeg

[root@localhostlinux]# tar -zxvf jpegsrc.v6b.tar.gz

[root@localhostlinux]# cd jpeg-6b

[root@localhostjpeg-6b]# mkdir /usr/local/jpeg (创建jpeg软件的安装目录)

[root@localhostjpeg-6b]# mkdir /usr/local/jpeg/bin (创建存放命令的目录)

[root@localhostjpeg-6b]# mkdir /usr/local/jpeg/lib (创建jpeg库文件所在目录)

[root@localhostjpeg-6b]# mkdir /usr/local/jpeg/include (创建存放头文件目录)

[root@localhostjpeg-6b]# mkdir -p /usr/local/jpeg/man/man1 (建立存放手册的目录)

[root@localhostjpeg-6b]# ./configure --prefix=/usr/local/jpeg \

--enable-shared \ (建立共享库使用的GUN的libtool)

--enable-static (建立静态库使用的GUN的libtool)

[root@localhostjpeg-6b]# make

[root@localhostjpeg-6b]# make install

执行make时如果出现如下错误:

./libtool --mode=compile gcc-O2 -I. -c ./jcapimin.c

make: ./libtool: Command notfound

make: *** [jcapimin.lo] Error 127

解决方法:

默认已安装libtool及libtool-ltdl-devel(如需帮助请看过程2)

[root@localhostjpeg-6b]# find / -name config.sub

/usr/share/libtool/config/config.sub

[root@localhostjpeg-6b]# find / -name config.guess

/usr/share/libtool/config/config.guess

[root@localhostjpeg-6b]# cp -vRp /usr/share/libtool/config/config.sub .

[root@localhostjpeg-6b]# cp -vRp /usr/share/libtool/config/config.guess .

也就是把libtool里面的两个配置文件拿来覆盖掉jpeg-6b目录下的对应文件

make clean 再重新configure

9、编译安装freetype

[root@localhostlinux]# tar -zxvf freetype-2.3.5.tar.gz

[root@localhostlinux]# cd freetype-2.3.5

[root@localhostfreetype-2.3.5]# ./configure --prefix=/usr/local/freetype \

--enable-shared (建立共享库使用的GUN的libtool)

[root@localhostfreetype-2.3.5]# make

[root@localhostfreetype-2.3.5]# make install

10、编译安装autoconf

[root@localhostlinux]# tar -zxvf autoconf-2.61.tar.gz

[root@localhostlinux]# cd autoconf-2.61

[root@localhostautoconf-2.61]# ./configure

[root@localhostautoconf-2.61]# make

[root@localhostautoconf-2.61]# make install

11、编译安装GD

[root@localhostlinux]# tar -zxvf gd-2.0.35.tar.gz

[root@localhostlinux]# cd gd-2.0.35

[root@localhostgd-2.0.35]# ./configure --prefix=/usr/local/gd \

--with-zlib=/usr/local/zlib/ \ (指定zlib库文件的位置)

--with-jpeg=/usr/local/jpeg/ \ (指定jpeg库文件的位置)

--with-png=/usr/local/libpng/ \ (指定png库文件的位置)

--with-freetype=/usr/local/freetype/ (指定freetype字体库的位置)

[root@localhostgd-2.0.35]# make

[root@localhostgd-2.0.35]# make install

执行make时如果出现如下错误:

make[2]: *** [gd_png.lo] Error 1

make[2]: Leaving directory`/usr/src/linux/gd-2.0.35'

make[1]: *** [all-recursive]Error 1

make[1]: Leaving directory`/usr/src/linux/gd-2.0.35'

make: *** [all] Error 2

解决方法:

[root@localhostgd-2.0.35]# find / -name gd_png.c

/usr/src/linux/gd-2.0.35/gd_png.c

[root@localhostgd-2.0.35]# find / -name png.h

/usr/local/libpng/include/png.h

[root@localhostgd-2.0.35]# vi /usr/src/linux/gd-2.0.35/gd_png.c

将#include "png.h"

改为#include "/usr/local/libpng/include/png.h"

12、编译安装apache

[root@localhostlinux]# tar -zxvf httpd-2.2.9.tar.gz

[root@localhostlinux]# cd httpd-2.2.9

[root@localhosthttpd-2.2.9]# ./configure --prefix=/usr/local/apache \

--enable-so \ (以动态共享对象编译)

--enable-rewrite (基于规则的URL操控)

[root@localhosthttpd-2.2.9]# make

[root@localhosthttpd-2.2.9]# make install

将apache加入开机启动↓

[root@localhosthttpd-2.2.9]# cp -vRp /usr/local/apache/bin/apachectl /etc/init.d/httpd

[root@localhosthttpd-2.2.9]# chmod +x /etc/init.d/httpd

添加apache服务↓

[root@localhosthttpd-2.2.9]# chkconfig --add httpd

[root@localhosthttpd-2.2.9]# chkconfig --level 2345 httpd on

[root@localhosthttpd-2.2.9]# service httpd start

启动服务时,如果出现如下错误:

httpd: Could not reliablydetermine the server's fully qualified domain name, using localhost.localdomainfor ServerName

解决方法:

[root@localhosthttpd-2.2.9]# vi /usr/local/apache/conf/httpd.conf

添加上:ServerName localhost:80

执行chkconfig时,如果出现如下错误:

service httpd does not supportchkconfig

解决方法:

[root@localhosthttpd-2.2.9]# vi /etc/rc.d/init.d/httpd

在文件第二行加入

#chkconfig:2345 10 90

#description:Activates/DeactivatesApache Web Server

保存后再执行chkconfig

13、编译安装mysql(最新版本都需要cmake编译安装)

编译安装 cmake

[root@localhostlinux]# tar -zxvf cmake-2.8.7.tar.gz

[root@localhostlinux]# cd cmake-2.8.7

[root@localhostcmake-2.8.7]# ./bootstrap

[root@localhostcmake-2.8.7]# gmake

[root@localhostcmake-2.8.7]# gmake install

编译安装 MySQL5.5.20

[root@localhostcmake-2.8.7]# groupadd mysql

[root@localhostcmake-2.8.7]# useradd -g mysql mysql

[root@localhostlinux]# tar -zxvf mysql-5.5.15.tar.gz

[root@localhostlinux]# cd mysql-5.5.15

[root@localhostmysql-5.5.15]#

cmake-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/mysql \ (安装根目录)

-DMYSQL_UNIX_ADDR=/usr/local/mysql/data/mysql.sock \ (UNIX socket文件)

-DDEFAULT_CHARSET=utf8 \ (默认字符集)

-DDEFAULT_COLLATION=utf8_general_ci \ (默认编码)

-DWITH_EXTRA_CHARSETS=utf8,gbk \ (额外的编码)

-DWITH_PERFSCHEMA_STORAGE_ENGINE=1 \(启用PERFSCHEMA引擎支持)

-DWITH_FEDERATED_STORAGE_ENGINE=1 \ (启用FEDERATED引擎支持)

-DWITH_PARTITION_STORAGE_ENGINE=1\ (启用PARTITION引擎支持)

-DWITH_ARCHIVE_STORAGE_ENGINE=1 \ (启用ARCHIVE引擎支持)

-DWITH_READLINE=1 \(使用readline功能)

-DMYSQL_DATADIR=/usr/local/mysql/data \ (数据库数据目录)

-DMYSQL_TCP_PORT=3306 (TCP/IP端口)

[root@localhostmysql-5.5.15]# make

[root@localhostmysql-5.5.15]# make install

[root@localhostmysql-5.5.15]# cp -vRp /usr/local/mysql/support-files/my-medium.cnf /etc/my.cnf

修改配置文件↓

[root@localhostmysql-5.5.15]# vi /etc/my.cnf

basedir=/usr/local/mysql

datadir=/usr/local/mysql/data

log-error=/usr/local/mysql/data/error.log

pid-file=/usr/local/mysql/data/mysql.pid

初始化数据库文件↓

[root@localhostmysql-5.5.15]# /usr/local/mysql/scripts/mysql_install_db \

--defaults-flie=/etc/my.cnf \

--basedir=/usr/local/mysql/\

--datadir=/usr/local/mysql/data \

--pid-file=/usr/local/mysql/data/mysql.pid \

--user=mysql

权限设置↓

[root@localhostmysql]# chown -R root .

[root@localhostmysql]# chown -R mysql data

[root@localhostmysql]# chgrp -R mysql .

将mysql加入开机启动↓

[root@localhostmysql]# cp -vRp support-files/mysql.server /etc/init.d/mysqld

[root@localhostmysql]# chmod +x /etc/init.d/mysqld

添加mysql服务↓

[root@localhostmysql]# chkconfig --add mysqld

[root@localhostmysql]# chkconfig --level 345 mysqld on

[root@localhostmysql]# service mysqld start

配置mysql↓

[root@localhostmysql]# bin/mysql

mysql deletefrom mysql.user where Host!='localhost'; (只留允许本机登录的帐号)

mysql flushprivileges; (刷新授权表)

mysql setpassword for 'root'@'localhost'=password('123456'); (设置用户密码)

mysql exit

[root@localhostmysql]# bin/mysql -h localhost -u root -p123456 (登录mysql)

14、编译安装php

[root@localhostlinux]# tar -zxvf php-5.3.19.tar.gz

[root@localhostlinux]# cd php-5.3.19

[root@localhostphp-5.3.19]# ./configure --prefix=/usr/local/php \

--with-apxs2=/usr/local/apache/bin/apxs \

--with-mysql=/usr/local/mysql/ \

--with-libxml-dir=/usr/local/libxml2/ \

--with-png-dir=/usr/local/libpng/ \

--with-jpeg-dir=/usr/local/jpeg/ \

--with-freetype-dir=/usr/local/freetype/ \

--with-gd=/usr/local/gd/\

--with-mcrypt=/usr/local/libmcrypt/ \

--with-mysqli=/usr/local/mysql/bin/mysql_config \

--enable-soap\ (变量激活SOAP和web services支持)

--enable-mbstring=all \ (使多字节字符串支持)

--enable-sockets (变量激活socket通讯特性)

[root@localhostphp-5.3.19]# make

[root@localhostphp-5.3.19]# make install

[root@localhostphp-5.3.19]# cp -vRp php.ini-development /etc/php.ini

[root@localhostphp-5.3.19]# vi /usr/local/apache/conf/httpd.conf

添加上:

AddType application/x-httpd-php .php

[root@localhostphp-5.3.19]# service httpd stop

[root@localhostphp-5.3.19]# service httpd start

[root@localhostphp-5.3.19]# vi /usr/local/apache/htdocs/phpinfo.php

添加内容为:

?php

phpinfo();

?

打开浏览器进行访问,如果出现PHP版本界面,及安装成功。

PCR与LAMP的关系

这两个方法我感觉原理还差挺多的,

LAMP,环介导等温扩增法,英文名称为loop-mediatedisothermal amplification,,是一种新型的核酸扩增方法,其特点是针对靶基因的6个区域设计4种特异引物,在链置换DNA聚合酶(Bst DNA polymerase)的作用下,60--65℃恒温扩增,15-60分钟左右即可实现10^9~10^10倍的核酸扩增

PCR技术的基本原理类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成:①模板DNA的变性:模板DNA经加热至93℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;②模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至55℃左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;③引物的延伸:DNA模板--引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基互补配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA链互补的半保留复制链,重复循环变性--退火--延伸三过程就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需2~4分钟,2~3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。

两者的酶,引物的设计,扩增的流程,产物的检验均不同,所以应该关系不大吧。而且虽然LAMP相对简便一些,但两者还是各有利弊的。

希望对你有帮助,望采纳

如何在Ubuntu上安装LAMP服务器系统

在Ubuntu上安装LAMP方法:

1、使用一个终端命令,就可以安装LAMP。命令如下:

sudo apt-get install lamp-server^

注:不要漏了末尾的那个脱字符号(^)。要是少了这个脱字符号,这个命令就无法运行。

2、在Ubuntu上安装LAMP apt软件包管理器现在会显示需要安装、等待确认的软件包。输入回车键,确认并继续安装。

3、安装LAMP软件包,下载软件包花了一点时间后,系统会提示你为MySQL的根用户设置密码。

4、设置MySQL根密码,输入你想用于MySQL的密码。此处不能空着。系统会提示你第二次输入,以确认密码。确认MySQL根密码,确认密码后,apt会继续安装剩余的软件包。

5、LAMP安装现完成。按提示将剩下几个步骤来进行配置,就可以轻松使用系统了。

Linux如何安装LAMP

Lamp = apache + mysql + php, 以下是linux系统下的安装方法:

1. 准备

根据系统的不用,在安装过程中需要附加安装的东西也不同,我这只要多安装一个libxml2的库。所以只要准备如下四个包:

httpd-2.2.17.tar.gz

mysql-5.1.54.tar.gz

php-5.3.5.tar.gz

libxml2-2.7.7.tar.gz

至于何处下载,自行百度。

2. Mysql的安装

在安装之前需要添加mysql组和用户, 同时,在config的时候会遇到一些问题,需要安装某些软件才能继续,如:apt-get install g++(不是gcc哦)

[cpp] view plaincopy

// 添加用户组和用户

# groupadd mysql

# useradd -g mysql mysql

// 解压安装包

$ tar -zxvf mysql-5.1.54.tar.gz

// 进入解压出来的文件

$ cd mysql-5.1.54

// 配置安装目录等信息(我的安装目录:/home/hkj/software/mysql)

$ ./configure --prefix=/home/hkj/software/mysql --without-debug

// 编译,这个耗时较多

$ make

// 安装

$ make install

3.安装apache

[cpp] view plaincopy

//解压缩Apache软件包

$ tar -zxvf httpd-2.2.17.tar.gz

//进入解压后的文件目录

$ cd httpd-2.2.17

//配置,设定安装目录为/home/hkj/software/apache

$ ./configure –prefix=/home/hkj/software/apache –enable-so

//编绎

$ make

//安装

$ make install

4.安装libxml2

[cpp] view plaincopy

//解压libxml软件包

$ tar -zxvf libxml2-2.7.7.tar.gz

//进入解压后的文件目录

$ cd libxml2-2.7.7

//配置

$ ./configure

//编绎

$ make

//安装

$ make install

5.安装php

[cpp] view plaincopy

//解压缩PHP软件包

$ tar -zxvf php-5.3.5.tar.gz

//进入解压后的文件目录

$ cd php-5.3.5

//配置,设定安装目录为/home/hkj/software/php

$ ./configure –prefix=/home/hkj/software/php –with-mysql=/home/hkj/software/mysql –with-apxs2=/home/hkj/software/apache/bin/apxs

//编绎

$ make

//安装

$ make install

6.配置

[cpp] view plaincopy

// 拷贝php的配置文件

# cp php.ini-dist /home/hkj/software/php/lib/php.ini

// 配置apache

# gedit /home/hkj/software/apache/conf/httpd.conf

*** 在LoadModule处添加 LoadModule php5_module module/libphp5.so

*** 在DirectoryIndex处添加 index.php

*** 在AddType application处添加

AddType application/x-httpd-php .php .phtml

AddType applicatoin/x-httpd-php-source .phps

// 然后重启apache,设置就生效了

(责任编辑:IT教学网)

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