clusterprofiler安装,clusterprofiler包安装不上
R安装clusterProfiler 包遇到无法安装依赖包stringi
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("clusterProfiler")
stringi 报错，本地安装
wget -O stringi.zip
unzip stringi.zip
sed -i '/\/icu..\/data/d' stringi-master/.Rbuildignore
R CMD build stringi-master
R CMD INSTALL?stringi_1.7.5.9001.tar.gz
BiocManager::install("clusterProfiler")
clusterProfiler导入失败解决办法
最近在安装光叔的clusterProfiler包时，遇到了以下报错：
即可以正常安装，但不能导入。
显示错误：package or namespace load failed for 'clusterProfiler': 'namespace:rvcheck'没有出口'get_fun_from_pkg'这个对象，随后电脑右侧弹出360杀毒软件的提示，把某dll文件列入了风险清单，准备删除。于是我思考，可能是由于杀毒软件的原因，于是我重装了Rstudio(version 1.4.1717)和R(version 4.0.5)，关掉了360杀毒和安全卫士，利用github接口安装包：
导入成功了！
蛋白ID转基因ID
将Ensembl 中的蛋白ID转化成基因ID,可以通过clusterProfiler这个包。
如以大鼠的基因与蛋白转化为例;
安装clusterProfiler与大鼠org.Rn.eg.db，如果是人的注释包为org.Hs.eg.db,小鼠的注释包为org.Mm.eg.db.
查看可以转化的ID:
[1] "ACCNUM" "ALIAS" "ENSEMBL" "ENSEMBLPROT" "ENSEMBLTRANS"
[6] "ENTREZID" "ENZYME" "EVIDENCE" "EVIDENCEALL" "GENENAME"
[11] "GO" "GOALL" "IPI" "ONTOLOGY" "ONTOLOGYALL"
[16] "PATH" "PFAM" "PMID" "PROSITE" "REFSEQ"
[21] "SYMBOL" "UNIGENE" "UNIPROT"
将蛋白ID转为基因ID:
如何在r软件中安装clusterprofiler工具包
如何在r软件中安装clusterprofiler工具包
专门针对Kali用户
Kali Linux是来自Debian的一个特殊版本，Kali Linux同样存在Debian Linux的许多问题。这部分为读者介绍如何解决那些问题。它们并不是Kali Linux特有的问题，你可以不用理它们；不过我看到错误，强迫症就会发作，非解决错误不可。
实用工具和软件
这部分汇集了我觉得有用的一批实用工具和软件。这些是大多数其他Linux发行版里面也有的日常软件，或者至少我认为它们应作为默认安装系统的一部分而出现。
改进和辅助功能
Kali Linux天生具有启动速度快、占用资源少的特点。但如果你有一些CPU和GPU能力可用，不妨试着让Kali Linix的外观更靓丽一些。