pymol使用教程（pymol使用入门）

pymol无法显示mesh怎么回事

按钮不管用，点亮图标。当点面板上的那些显示按钮不管用的时候，会导致hypermesh不显示网格中心点，当这种情况发生，点击左上角component下的图标，点亮图标即可。

您要问的是hypermesh节点不显示为黄点的原因吗？节点被隐藏、节点被冻结。检查节点是否被隐藏。可以在Hypermesh的菜单中选择“View”-“Hide/Show”，在弹出的对话框中勾选“Nodes”，然后点击“OK”按钮，看看节点是否显示出来。检查节点是否被冻结。

你是指你新建的一个mesh后，另一个mesh成了黑色的框了吗，还是消失不见。如果是消失不见了，就点右面的items下的mesh的眼睛。如果你想和当前 mesh一样的显示，就按O键。

PDB文件怎么打开?

PDB的文件格式是PALM掌上电脑的软件的专用格式了。这种格式的电子书是专门在PALM掌上电脑上看的书了，如果想在PC上看这种书的话告诉你一个软件叫TLPDB的软件。

首先说下.pdb文件：程序数据库文件（Program Database File）。默认设置下，Debug的PDB是full，保存着调试和项目状态信息、有断言、堆栈检查等代码，可以对程序的调试配置进行增量链接。不生成.pdb文件的方法 如图，打开工程属性的build标签页，将构成选为「Release」后打开「详细设定」。

用 FOXIT PDF reader挺好的，比较小，运行起来也比Adobe快。自己上网上找找，哥哥就不给你连接网址了，网上很多。

Ctrl + F5 这个不是错误，也不是警告。上面的PDB实际上就是C++运行时系统dll的符号文件，调试时用的，除非你要做什么高级的调试，不然加不加载都一样了。

ds对接结果，用pymol打开方法有安装Pymol软件、打开Pymol软件、导入ds对接结果的pdb文。安装Pymol软件：可以从Pymol官网上下载并安装最新版本的软件。打开Pymol软件：打开Pymol软件后，可以看到软件左侧的命令行窗口和右侧的图形显示窗口。

Autodock分子对接完结&总结

1、各种分子对接方法对体系均有一定的简化，根据简化的程度和方式，可以将分子对接方法分为三类。刚性对接：刚性对接方法在计算过程中，参与对接的分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，刚性对接方法的简化程度最高，计算量相对较小，适合于处理大分子之间的对接。

2、就目前来讲，国内外的分子对接软件，基本都是需要下载来使用，可能也会有像你说的win7系统能不能用啊，等等之类的问题。我们十月份马上就能出炉一个在线就能使用的CADD计算平台，里面不仅有分子对接的相关功能，还会有其他的，还有在线的疑问解答之类的。

3、要。Autodock是一款开源的分子模拟软件，最主要应用于执行配体-蛋白分子对接。它由Scripps研究所的Olson实验室开发与维护，最新版本为AutoDock2。

4、进行分子对接计算：利用分子对接软件对蛋白质和配体分子进行计算，寻找最优的配体结合位置和结合方式。常用的分子对接软件包括Autodock、Glide等。在计算过程中，需要设置合适的计算参数，如搜索空间、搜索方式、评分函数等。

怎么用MOE查找蛋白的口袋

1、pymol显示结合口袋的方法是：打开PyMOL-Plugin-（Plugin Manager）-Install （New） Plugin-找到GetBox Plugin.py安装-重启PyMOL-安装成功。PyMOL的Plugin工具栏会多出一个菜单项GetBox Plugin，有三个子菜单，分别为：Advanced usage、Autodetect box、Get box from selection （sele）。

2、MOE分子对接教程在MOE窗口open打开一个有小配体的蛋白（PDB或moe文件）点击Compute→prepare→Protonate3D（使质子化）点击OK。打开SEQ面板删去水分子和与小配体无关的其他杂配体或离子在MOE窗口右边点击SiteView点击System，改变配体颜色使得小配体显示绿色C骨架在MOE窗口点击Surface→recepter在MOE。

3、moe要删除蛋白质配体，首先要确定蛋白质配体的结构和它们之间的相互作用。然后，可以使用化学药物或其他抑制剂来抑制蛋白质配体的结合，从而达到删除蛋白质配体的目的。此外，也可以使用抗体来抑制蛋白质配体的结合，从而达到删除蛋白质配体的目的。