ncbiblast(ncbiblast怎么用蛋白序列)
如何在ncbi上进行blast
先打开ncbi,再打开blast，然后在Nucleotide一栏找到Nucleotide-Nucleotide blast,然后在出来的网页中把你的上游或者下游引物序列输入后，选择人还是鼠的或是其他，点BLAST即可，再出来的网页点FOMAT，即可得到结果，主要看你的基因序列是否有且...
引物怎么在ncbi上blast
先打开ncbi,再打开blast，然后在Nucleotide一栏找到Nucleotide-Nucleotide blast,然后在出来的网页中把你的上游或者下游引物序列输入后，选择人还是鼠的或是其他，点BLAST即可，再出来的网页点FOMAT，即可得到结果，主要看你的基因序列是否有且...
怎样用 NCBI/blast 做蛋白质同源性分析 详细点
将需要比对的蛋白质序列选中，在BLAST界面Enter Query Sequence下面的大框中输入，如果是和数据库所有的蛋白质序列进行比对，再下面的Choose Search Set中选择需要比对的数据库。Program Selection中的比对可根据个人需要进行选择。
如果进行两两比对，或者多个序列的比对，在Enter Query Sequence框中选中Align two or more sequences，在弹出的框中，输入你需要比对的序列，最后点击BLAST即可。
结果得分越高，同源性越高，E值是期望值，得分越低同源性越高
扩展资料：
由于进化上或个体发育上的共同来源而呈现的本质上的相似性，但其功能不一定相同，如狗的前肢和鸟的翅。从分子水平讲则是指两个核酸分子的核苷酸序列或两个蛋白质分子的氨基酸序列间的相似程度。虽然同源性须通过序列测定来检验，但是DNA-DNA或DNA-RNA杂交可提供有价值的估计。
参考资料来源：百度百科-同源性
NCBI中blast可变序列
NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性
Blast导航主页面主体包括三部分
BLAST Assembled Genomes选择你要对比的物种，点击物种之后即可进入对比页面
Basic BLAST包含5个常用的Blast，每一个都附有简单介绍
Specialized BLAST是一些特殊目的的Blast，如Primer-BLAST、IgBLAST
根据需要做出选择
点击Basic BLAST部分的nucleotide链接到一个新的页面，打开后的页面特征：
大体上包括三个部分
Enter Query Sequence部分可以让我们输入序列，其中的Job Title部分可以为本次工作命一个名字
Choose Search Set部分可以选择要与目的序列比对的物种或序列种类。
其中的Entrez Query可以对比对结果进行适当的限制。
Program Selection部分可以选择本次对比的精确度，种内种间等等。
其次Blast按钮下面有一个“Algorithm parameters”算法参数，可设置参数。
点击Blast后，出现的页面大体上包括四个部分
一．所询问和比对序列的简单信息
1．询问序列的简单信息——名称、描述、分子类型、序列长度
2．所比对数据库的名称、描述和所用程序
二．Graphic Summary——blast结果图形显示
相似度颜色图（黑、蓝、绿、粉红、红，相似度由低到高）
三．Descriptions——blast结果描述区
1．到其他数据库的链接
2．描述以表格的形式呈现（以匹配分值从大到小排序）
(1)Accession下程序比对的序列名称，点击相应的可以进入更为详细的map viewer
(2)Descriptions下是对所比对序列的简单描述
接下来是5个结果数值：
(3)Max score匹配分值，点击可进入第四部分相应序列的blast的详细比对结果
(4)Total score总体分值
(5)Query coverage覆盖率
(6)E value——E（Expect）值，表示随机匹配的可能性。
E值越大，随机匹配的可能性也越大。
E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了。
(7)Max ident——匹配一致性，即匹配上的碱基数占总序列长的百分数。
(8)Links——到其他数据库的链接。
四．各序列blast的详细比对结果
数据库中不同序列比对的详细结果，每一个结果大体上包括3部分
1.所比对序列的名称、简单描述、长度。到其他数据库的链接。
2.比对结果的5个数值：
(1)score打分矩阵计算出来的值，由搜索算法决定的，值越大说明询问序列跟目标序列匹配程度越大
(2)Expect是输入序列被随机搜索出来的概率，该值越小越好。
(3)Identities是相似程度，即输入序列和搜索到序列的匹配率
(4)Gaps就是空白,即比对序列只有一条链上有碱基
(5)strand=plus/minus即询问序列和数据库里面序列的互补链匹配
