goldengate反应,goldengate反应体系
银行如何使用goldengate
GoldenGate Director 和GoldenGate Monitor在部分功能有重叠的地方，这两个组件都可以用来进行OGG同步状况的监控，同时都可以配置预警机制，当同步出现异常信息及时反馈给维护人员。GoldenGate Monitor是在GoldenGate发布version11版本的时候同时发布的，因此它的最初版本为Version11，主要分为Monitor Server和Monitor Agent2部分，该组件图形化做的要丰富，内容更多，用户体验性这块比Director要好。
拓展资料:
1、最近因某客户需要，需要安装配置Goldengate Monitor对生产系统OGG运行状况进行实时监控，本文主要记录了GoldenGate Monitor server和agent在LINUX下的安装配置过程，供大家参考。后续我会进一步介绍GoldenGate Veridata和GoldenGate Director的安装配置。
2、美国银行介绍
美国银行为全球首要的金融服务机构之一，致力为客户提供前所未有，优质完善的银行服务。美国银行服务遍及美国21个州、哥伦比亚特区及全球190个国家，为多达3000万个人客户及200万商业客户提供最全面的个人及商业银行服务。所有业务依托于其构架的全球最大的金融服务网络，包括其美国本土内将近4400个分支机构和大约14000台ATM机。并且为将近300万用户提供通过INTERNET方式的实时在线访问模式。
3、美国银行面临的几个主要问题
作为世界金融服务行业领导企业之一，美国银行的业务系统包括了14000台左右的ATM机，它们每年近似处理大约30亿个事务，一天之中的每一秒钟近似处理300多个事务。系统所采用的硬件平台是HP NonStop。随着如此大量的事务数处理的进行，从K系列到S系列的初始化迁移要求在系统持续运行、不停机的情况下进行。在应用了GoldenGate TDM软件后，美国银行成功的完成系统主机平台升级的初始化数据迁移。项目在2002年2月完成，成功的系统迁移后，美国银行的应用系统包括了3台HP NonStop S系列主机、2台HP NonStop K系列主机
4、简谈PCIe的软件配置方式
简谈PCIe的软件配置方式 今天给大侠带来PCIe的软件配置方式，话不多说，上货。 关于PCIe的软件配置和初始化 PCIe设计出来考虑了和pci兼容问题。所以PCIe的软件配置方式可以沿用PCI的配置方式。当然，由于特殊性，也有自身独特的配置方式。所以PCIe模块的访问方式有如下两种： PCI 兼容的配置方式 PCI Express enhanced 配置机制。 这里主要描述PCIE高级配置机制。 PCIe的配置空间 PCIe的配置空间是兼容PCI的，但是在PCI。
goldengate反应体系水加多了
水加多了相当于稀释了反应体系,如果是少量水应该不会有特别显著差别,如果水加了很多则会降低扩增效率或没有扩增产物。
Golden gate克隆的原理是什么?
原理如下：
一般的内切酶分为三种，通常用的是2类的酶，识别特定的回文序列，并从中切开。而golden gate一般用的是3类酶，一般以bsmb 1，Bsa1, Bbs1这三种酶，识别特定的序列，并在特定序列以后隔几个任意的碱基切开，这样子就可以克服2类酶必须要回文序列才能用的缺点，实现片段的连接。
Golden gate克隆简介
在同一反应体系内,利用IIS型限制性核酸内切酶和DNA连接酶进行"Golden Gate"克隆方法,将多个目的基因片段按照设定的顺序连接,实现多基因片段一步"无缝"连接。为编辑小鼠β酪蛋白基因位点,利用"Golden Gate"克隆法,构建了小鼠β酪蛋白基因位点同源重组靶向载体。
降噪goldengate怎么用
Oracle Golden Gate软件是一种基于日志的结构化数据复制备份软件，它通过解析源 数据库在线日志或归档日志获得数据的增量变化，再将这些变化应用到目标数据库，从而实现源数据库与目标数据库同步。Oracle Golden Gate可以在异构的IT基础结构（包...
分子克隆——例子
导读：无缝克隆技术是时下最流行的质粒构建技术，几乎每个分子生物学实验室都在使用。之前我给大家详细讲解了Gibson Assembly的实验设计和操作流程，那么这次给大家介绍另外一种无缝克隆方法——Golden Gate Assembly，希望能对大家的质粒构建实验有所帮助。
说到分子克隆，几乎每个做过质粒构建的小伙伴都知道Gibson Assembly，这个方法实在是太流行了！记得我刚进实验室的时候，师兄师姐教我构建质粒所用的方法就是Gibson Assembly，那个时候整个实验室的人都用Gibson Assembly，我才知道高中生物课和本科生物课上所学的经典的酶切连接方法早就不流行了。后来我看了很多文献，发现除了Gibson Assembly之外，其实还有很多好用的质粒构建方法，与Gibson Assembly几乎同时出现的Golden Gate Assembly就是其中的一种，这两种方法都可用于无缝克隆。
Golden Gate Assembly是一种新型的酶切连接方法 [1, 2]，与传统的酶切连接方法不同。传统的酶切连接方法采用标准的II型限制性内切酶 (限制酶) (例如 Eco RI) 切割DNA，这些限制酶通常识别4~8 bp的回文序列，并在识别序列内部切割产生粘性末端或平末端 (图1A)。 而Golden Gate Assembly采用IIS型限制酶 (例如 Bsa I) 切割DNA，这些限制酶识别非回文序列，并在识别序列外部切割产生粘性末端 ?(图1B)。
【图1】II型限制酶和IIS型限制酶切割DNA
IIS型限制酶切割DNA产生的粘性末端通常为2个碱基或4个碱基。在连接反应中，粘性末端的碱基数越多，连接产物的保真度越高，因此Golden Gate Assembly通常采用能够产生4碱基粘性末端的IIS限制酶， 常用的有 Bsa I、 Bsm BI和 Bbs I (图2) 。NEB公司对这三种野生型的限制酶进行了分子改造，得到三种 识别序列不变但特异性更强的限制酶，分别是 Bsa I-HFv2、 Bsm BI-v2和 Bbs I-HF (图2) 。这些限制酶的识别序列长度都是6 bp，因此在DNA序列中出现的概率都是1/4096。
【图2】三种IIS型限制酶的特异性
如图2所示， 三种IIS型限制酶的特异性可分别记为： Bsa I (GGTCTC 1/5), Bsm BI (CGTCTC 1/5), Bbs I (GAAGAC 2/6) 。除此之外，能够产生3碱基粘性末端的IIS型限制酶 Sap I (GCTCTTC 1/4) 也常被使用 [3]，这个限制酶虽然产生的粘性末端更短，导致连接产物的保真度会略有降低，但是识别序列长度更长 (为7 bp)，因此在DNA序列中出现的概率是1/16384。根据切割位点序列的不同， Bsa I、 Bsm BI和 Bbs I可以产生的粘性末端有256种， Sap I可以产生的粘性末端有64种。
市面上有许多基于Golden Gate Assembly的克隆试剂盒，不过价格都很贵，我一向建议大家自己买酶和试剂配制反应体系，只要弄懂Golden Gate Assembly的工作原理和实验设计方法就没有问题。下面我以 Bsa I-HFv2为例，讲讲如何使用Golden Gate Assembly构建质粒。
设计引物
通过PCR引入 Bsa I的识别序列，识别序列加在引物的5'端，为了确保限制酶能稳定结合到DNA双链上并发挥切割作用，需在识别序列末端加上保护碱基。保护碱基的数量和种类不是固定的，为了简化引物设计，大家可以用TTT作为保护碱基(3 bp的保护碱基对于绝大多数限制酶来说是足够的，若是为了保险起见，也可将保护碱基增加至6 bp。由于切割位点在识别序列的下游且可以是任意序列，因此有3种不同的引物设计方法，如图3所示。
【图3】设计引物的三种策略：N代表任意碱基, 1234和5678代表两个不同的切割位点, N和切割位点既可以利用PCR模板现有的序列，也可以通过引物引入
实验原理
(1) 2个DNA片段的连接
【图4】Golden Gate Assembly连接两个片段
(2) 4个DNA片段的连接
【图5】Golden Gate Assembly连接四个片段：1234, 5678, abcd和efgh代表四个不同的切割位点
上面两个图分别展示了2个片段连接和4个片段连接的工作原理，其他数量片段的连接类似。酶切和连接是在同一个反应体系中进行的，可以用PCR产物作为底物 (如图4和图5)，也可以先将PCR产物分别克隆到质粒载体上，再用质粒作为底物。 在合适的实验条件和实验设计下，利用Golden Gate Assembly可以组装超过20个DNA片段 。下面这个小视频可以帮助大家进一步理解Golden Gate Assembly的工作原理。
Golden Gate Assembly的工作原理
操作流程
(1) 配制反应体系
① 每个插入片段的加入量可根据载体的加入量与载体和插入片段的长度进行换算，这里提供一个换算工具 ; ?②其他可用的内切酶：BsmBI-v2(NEB #R0739, 10U/μl), BbsI-HF (NEB #3539, 10U/μl), SapI (NEB #R0569,10U/μl); ③若插入片段数量为1~10，则用10 units；若插入片段数量大于10，则用20 units; ④ 若插入片段数量为1~10，则用500 units；若插入片段数量大于10，则用1000units。
(2) 反应程序
注: 37℃是BsaI-HFv2的最适反应温度，若使用其他限制酶，该温度可能需要调整，比如BsmBI-v2的最适温度为42℃。
优点
与传统的酶切连接比较
(1) IIS型限制酶的切割位点在识别序列外部，因此识别序列在酶切过程中被除去，不会在连接产物中引入不必要的序列。
(2) IIS型限制酶对切割位点的序列没有要求，因此可以通过设计切割位点的序列产生不同的粘性末端，使得多片段定向组装成为可能。
(3) 由于识别序列不会残留在连接产物中，因此酶切反应和连接反应可以在同一个反应体系中进行，简化了实验流程。
与Gibson Assembly比较
(1) 片段连接过程中不涉及序列的降解和合成，因此连接产物的保真度更高。
(2) 可以组装的DNA片段数量更多，适用于质粒建库。
(3)?可以组装带有同源序列或重复序列的DNA片段，比如可用于构建表达多个sgRNA的质粒 [4]。
(4)?可以构建标准化的合成生物学元件，这一点类似于和BioBricks。
注意事项
(1) 需选用合适的限制酶，该限制酶的识别序列在最终的连接产物中不能出现。
(2) 设计引物时，识别序列和切割位点的取向要正确。
(3) 当插入片段的数量较多时，为了确保连接的特异性，需要合理设计切割位点的4 bp序列。
参考文献[5] 的Table S7提供了优化的切割位点序列组合
另外，NEB公司提供的Golden Gate Assembly Tool可以帮助大家设计引物
NEB Golden Gategoldengate.neb.com
参考文献：
[1] Engler, C., et al. (2008)? PLoS One ?3, e3647.
A One Pot, One Step, Precision Cloning Method with High Throughput Capabilitydx.doi.org
[2] Engler, C.,et al.(2009)? PLoS One ?4, e5553.
Golden Gate Shuffling: A One-Pot DNA Shuffling Method Based on Type IIs Restriction Enzymesdx.doi.org
[3] Whitman, L., et al. (2013)? Genet. Eng. Biotechnol. ?33, 42.
(PDF) Rapid, Scarless Cloning of Gene Fragments Using the Electra Vector System.
[4] Vad-Nielsen, J., et al. (2016)? Cell Mol. Life Sci. ?73, 4315–4325.
[5] HamediRad, M., et al. (2019)? ACS Synth. Biol. ?8, 1047–1054.
Highly Efficient Single-Pot Scarless Golden Gate Assemblydoi.org
goldengate什么意思
goldengate，简称OGG（oracle goldengate） 是oracle公司前几年收购的一个实现数据库之间复制的一个公司。OGG最大的优点是可以不同的数据库之间实现复制，配置简单，高效易用。